El Amatal

Amatal se encuentra ubicado en el cantón San Diego, departamento de La Libertad, entre los 13°30' N 89°15' W, a 30 msnm, limitado a Oriente por la Hacienda San Juan Buena Vista y el rio Huiza, al poniente por los ríos Aquiquisquíllo y Amayo, al Norte por propiedades agrícolas, al Sur por lotificacíones y el Océano Pacifico. Con una extensión de 200ha, conformadas por un bosque salado adyacente al estero San Diego, una zona ecotonal y un bosque caducifolío; el cual ha sido entregado a la Asociación Jardín Botánico La Laguna por el Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales de El Salvador para su protección; en el que se desarrolla: colecta y siembra de candela de mangle, educación ambiental, bosque energético y estudios florísticos; incorporando a la vez a la comunidad local y grupos ecológicos.

El Bosque La laguna

El bosque La Laguna es propiedad de la Asociación Jardín Botanico La Laguna y su manejo está a cargo de la Sección Técnica Científica. Se encuentra ubicado al sur de la ciudad de Antiguo Cuscatlán, contiguo a la urbanización industrial La Laguna con una extensión de 30 ha; en él se han sembrado especies nativas siguiendo un estricto control de crecimiento con la finalidad obtener la mayor información de la rehabilitación de la zona.

Laderas del Plan Industrial

Esta reserva de 43 mz se ubica hacia la parte Sur del cráter, que rodea el plan industrial La Laguna. Tiene importancia por ser uno de los últimos remanentes del bosque original del valle central El Salvador. Se han colectado todas las formas de vida vegetal existentes con especial énfasis en la medición del crecimiento los árboles. Entre las especies más destacadas se encuentran "ceibillo", "conacaste", "mulato" y "zarzo".

El Imposible

La Asociación Jardín Botánico La Laguna, SalvaNatura, el Jardín Botánico de Berlín, Alemania y el Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales de El Salvador; firmaron un convenio con el objetivo de inventariar la flora del Bosque el imposible, que constituye una de las áreas naturales más ricas en biodiversidad. Ubicado en Ahuachapán al occidente |de San Salvador, con una extensión de 5,367 hectáreas y un rango altitudinal que fluctúa entre los 250 y 1425 msnm y 13° 51 latitud norte y 87° 57 longitud oeste.

Bosque Nebuloso Montecristo

Este proyecto se realiza en cooperación con el Jardín Botánico de Berlín y tiene por objetivo complementar la Información florística de los Bosques Nebulosos de El Salvador.

Ubicado en el Cantón San José Ingenio, municipio de Metapán. Santa Ana, con altitudes desde los 800 hasta los 2400 msnm. Hasta la fecha se han colectado todas las formas de vida haciendo énfasis en árboles, con un aproximado de 1,100 muestras de herbario; Además de un inventario de hongos (macromicetes) para tres zonas altitudinales dentro del parque.